思想和科学都是人类文明的重要内容并且相互影响。阅读下列材料：
材料一  在当代，随着对中世纪文献的挖掘和研究的深入，人们已改变把中世纪看作是“黑暗的世纪”、“无所作为的世纪”的观点……在西欧，从10世纪晚期开始，先是教会学校注重传授和研究科学问题的兴起，然后是对古代科学著作的兴趣所带来的翻译，再次是大学的兴起和围绕自然科学所展开的争论，才有了真正意义上的思想解放和人文精神的发展。
——摘编自王荣江《西方科学与人文精神发展的历史关系及其启示>
材料二  路德的宗教改革使教会的权威慢慢地但确实地在人心中削弱，个人开始表露出独立思考精神。在宗教上人的意识被唤醒，这种主体性的增强对于人们积极主动地认识自然界，通过实验方法去获得自然界的信息起到了观念上的推动作用，与其他因素融合在一起为近代科学的产生准备了土壤。
------------摘编自杨渝玲《宗教改革：近代科学产生的宗教背景》
材料三  启蒙时代的哲人……受万有引力定律的影响很大，相信存在着不仅象牛顿所证实的那样控制物质世界、也控制人类社会的自然法则。按照这一设想，他们开始将理性应用于所有领域。他们使一切事物——所有的人、所有的制度、所有的传统——受到理性的检验……更重要的是，他们发展起一系列革命的原则，打算通过这些原则实现大规模的社会改革。
----------斯塔夫里阿诺斯《全球通史》
请回答：
(1)有人说“中世纪是一个在黑暗中孕育着希望的时代”。据材料一并结合所学知识，谈谈你对这句话的理解。
(2)据材料二，概括马丁·路德的思想主张对教会产生的影响。材料三中的“理性”是对人文主义的发展，请结合所学知识加以说明。 
(3)结合上述材料和所学知识，以“近代科学发展与人文主义的关系”为主题进行论证。（要求：观点明确，史论结合，逻辑严密，表述清晰；250字左右）